پاکستان نے افغان حکومت کے ان الزامات کی سختی سے تردید کی ہے کہ پروفیسر برھان الدین ربانی کے قتل میں آئی ایس آئی ملوث ہے۔ دفترخارجہ کی ترجمان کے دفتر سے جاری ایک بیان میں کہا گیا ہے کہ پروفیسر برھان الدین ربانی کے قتل میں آئی ایس آئی کے ملوث ہونے کے حوالے سے افغان وزیر داخلہ کے الزامات بے بنیاد ہیں۔ بیان کے مطابق افغان وزیر داخلہ نے ان حقائق کا تذکرہ نہیں کیا کہ قاتل اور ان کے دست راست کئی دنوں سے قندھار اور کابل کے اردگرد منڈلا رہے تھے۔ اس کے علاوہ قاتلوں نے چار روز تک افغان پیس کونسل کے گیسٹ ہاوس میں قیام کیا تھا۔ بیان میں کہا گیا ہے کہ افغان انٹیلی جنس کی جانب سے سفارت خانے کے حوالے کیے جانے والے قاتل کے اعترافی بیان میں ان حقائق کو بھی شامل کیا جانا چاہیے۔ بیان میں واضح کیا گیا ہے کہ پروفیسر برھان الدین ربانی پاکستان کے عظیم دوست اور پورے ملک میں محترم تھے۔